Le port principal de Santorin (Athinios) est situé dans la partie ouest de l'île, dans le même village d'Athinios. C'est le port où la plupart des ferries et des croisières qui approchent de l'île s'arrêtent. Il y a aussi un autre port à Fira, mais il est beaucoup plus petit, et il n'est pas habituel que les ferries y accostent, c'est plutôt un port de pêche. Bien que ce soit dans ce port (Fira) d'où partent la plupart des voyages vers le volcan.